Desa Pabuaran pada awalnya merupakan bagian dari Kecamatan Semplak yang termasuk wilayah Kota Bogor. Namun, pada tahun 1995, Kecamatan Semplak mengalami pemekaran wilayah sehingga Desa Pabuaran menjadi bagian dari Kecamatan Kemang, Kabupaten Bogor.

Sejak tahun 1960, kepemimpinan Desa Pabuaran telah berganti beberapa kali, dimulai dari Kasda (1961–1971), Irna (1971–1978), Dasim (1978–1988), M. Aman (1988–1998), Endih Supandi (1998–2013), hingga Ayoh Yohana yang menjabat sejak tahun 2013 hingga sekarang.